Am 4. Dezember 1872 entdeckte die Besatzung der "DeiGratia", unter den Kommando von Kapitän David Morehouse, unweit der Inselgruppe der Azoren und dem portugiesischen Festland die Brigg "Mary Celeste". Einige der Segel waren zerrissen und das Schiff schien ziellos herumzutreiben. Morehouse beschloss beizudrehen und ein Beiboot auszusetzen. Von der Mannschaft der Mary Celeste, Kapitän Benjamin Briggs, seiner Ehefrau und seiner Tochter und sieben Seeleuten, fehlte an Bord jede Spur. Im Rumpf stand etwas Wasser, einige Ladeluken waren verrutscht, in den Mannschaftskabinen herrschte ein Durcheinander, Navigationsinstrumente des Kapitäns waren verschwunden und das Rettungsboot fehlte. Das Schiff war aber noch seetüchtig und daher war es äußerst seltsam, dass die Mannschaft anscheinend freiwillig von Bord gegangen war. Ein Teil der Mannschaft der Dei Gratia segelte mit der Mary Celeste zurück nach Gibraltar, wo sie eine Belohnung für die Bergung des Geisterschiffes verlangte.
Das spurlose Verschwinden der gesamten Mannschaft der Mary Celeste bleibt bis heute eines der ungelösten Rätsel der Seefahrt. Der November 1872 war durch zahlreiche Stürme auf dem Nordatlantik geprägt und man vermutete zunächst, dass die Mannschaft, als sie das Wasser im Rumpf bemerkte, nahe der Insel Santa Maria, eine der Inseln der Azoren, das anscheinend sinkende Schiff verlassen hatte, um mit dem Rettungsboot an Land zu gelangen. Aber laut Logbuch der Dei Gratia, die nur wenige Tage hinter der Mary Celeste von Nordamerika nach Europa segelte, war die See rund um die Azoren ruhig gewesen. Im Logbuch der Mary Celeste gab es einen letzten Eintrag am 25. November, in Sichtweite der Insel Santa Maria, der ebenfalls von einer Wetterbesserung sprach.
Im Laufe der Zeit wurden mehr oder weniger plausible Erklärungen vorgeschlagen, die von Meuterei, über einen Überfall von Piraten, Massenhysterie, Seemonster, UFOs und Seebeben reichen.
Marinebiologe David Williams führt Seebeben an, um alle möglichen, rätselhaften Begebenheiten zur See zu erklären. In Dezember 1885 musste die AlhamaofArenda in der Nähe der Azoren aufgegeben werden, nachdem ein Seebeben sie getroffen hatte. Angeblich wurden in 1941 mehrere U-Boote durch ein Seebeben mit Epizentrum zwischen den Azoren und Lissabon beschädigt.
Laut Williams verursachen Erdbeben entlang des Störungssystems, das sich von Portugal aus in den Atlantischen Ozeans erstreckt, Druckwellen, die zu Schäden an Schiffen führen sollen. Entlang der Azoren-Gibraltar-Bruchzone stoßen die Afrikanische und die Eurasische Platte zusammen und hier liegt vermutlich auch das Epizentrum des berühmten Erdbebens das in 1755 auch Lissabon zerstörte.
Auch im Bermuda-Dreieck sollen gewaltige Druckwellen, verursacht durch Unterwasservulkane und Seebeben, Schiffe und Flugzeuge spurlose verschwinden lassen.
Williams schlägt folgendes Szenario vor um das Rätsel der Mary Celeste zu erklären. Das Segelschiff wurde, als es sich den Azoren näherte, durch ein Seebeben getroffen, wobei es zu Schäden am Schiffskörper kam. Briggs wurde panisch und befahl seiner Familie und der Mannschaft in das Rettungsboot zu steigen, in der Hoffnung das rettende Festland, die vulkanische Insel Santa Maria, zu erreichen. Tatsächlich konnten am Bug der Mary Celeste Schäden festgestellt werden. Allerdings kamen herbeigerufene Experten zum Schluss, das Wellen aus den gerade renovierten Schiffskörper große Holzspäne herausgerissen hatten. Des Weiteren gibt es keine Aufzeichnungen eines Erdbebens bei den Azoren in 1872. Williams Erklärung bleibt daher völlig hypothetisch.
Man geht heute eher davon aus, dass die Ladung der Mary Celeste beim Verschwinden der Mannschaft eine Rolle spielte. Die Ladung bestand aus über 1.000 Fässern mit Industriealkohol. Beim Entladen des Schiffes bemerkte man, dass einige Fässer leer waren. Der Alkohol war anscheinend aus den nicht ganz dichten Fässern entwichen. Als die Mannschaft den Geruch von Alkohol im Laserraum bemerkte, lies der Kapitän alle an Bord in das Rettungsboot steigen, vielleicht in der Hoffnung,dass die Alkoholgase verpuffen würden. Als das Seil, mit der das Rettungsboot an die Mary Celeste gebunden war, zerriss, driftete das kleine Boot ab. Die verlassene Mary Celeste driftete mit den Strömungen und den Wind weiter Richtung Portugal, bis sie schließlich entdeckt wurde.